Fastsettelse av samlet kvotemengde og tildeling til enkeltvirksomheter
Direktivet krever at hver medlemsstat forut for perioden 2005-2007 og hver etterfølgende femårsperiode legger frem en nasjonal allokeringsplan der staten angir den samlede mengde kvoter (1 kvoteenhet = 1 tonn CO2-ekvivalent) den vil tildele i den kommende perioden og samtidig spesifiserer hvordan kvotene skal tildeles. Planen må bygge på objektive og transparente kriterier. Landenes forslag til allokeringsplan skal legges frem for offentligheten samt sendes til de andre medlemsstatene og til Kommisjonen, som skal godkjenne planen (jf. artikkel 9).
Kvotedirektivet inneholder kriterier som skal legges til grunn ved utformingen av de nasjonale allokeringsplanene (jf. vedlegg III). Kommisjonen har lagt frem to sett retningslinjer for oppfyllelse av kriteriene i direktivets vedlegg III. Ved fastsettelsen av samlet kvotemengde skal landene bl.a. ta hensyn til deres utslippsforpliktelse etter Kyotoprotokollen, faktiske og forventede fremskritt mot oppfyllelse av denne forpliktelsen, hvor stor andel av de totale klimagassutslippene som kommer fra kilder som omfattes av EU-systemet og potensialet for utslippsreduksjoner fra virksomheter som omfattes av EU-systemet. Ved fordelingen av kvotene skal landene bl.a. ta hensyn til behovet for ikke å diskriminere mellom selskaper eller sektorer på en måte som gjør at noen får en urimelig/urettferdig fordel, at nykommere skal kunne delta i kvotesystemet og at tidlig innsats skal belønnes. I tillegg kan landene bl.a. ta hensyn til gjennomsnittlige utslipp pr. produkt innenfor ulike bransjer, muligheten for å redusere utslippene innenfor ulike bransjer og "benchmarks".

Direktivet åpner i liten grad for salg av kvoter: i perioden 2005-2007 skal minst 95 prosent av kvotene tildeles vederlagsfritt og i perioden 2008-2012 skal minst 90 prosent av kvotene tildeles vederlagsfritt (jf. artikkel 10).

Særlig om behandling av nyetableringer
I de første retningslinjene for utforming av de nasjonale allokeringsplanene (7. januar 2004) anbefaler Kommisjonen at nyetableringer henvises til å kjøpe kvoter på markedet. Kommisjonen holder imidlertid døren åpen for at det settes til side en kvotereserve som kan tildeles vederlagsfritt til nyetableringer eller at nyetableringer gis tilgang på kvoter gjennom periodiske auksjoner, der nyetableringer kan delta på lik linje med enhver annen fysisk eller juridisk person. Kommisjonen har imidlertid uttalt at manglende kvotereserve ikke i seg selv utgjør forskjellsbehandling av virksomheter.

Handel med kvoter og kobling til andre kvotesystemer
Kvotene omsettes fritt innen EU-området, uten nærmere anerkjennelse eller avtale mellom de enkelte landene i unionen (jf. artikkel 12 nr. 1).

Land utenfor EU med egne kvotesystemer vil kunne koble seg til EU-systemet etter en prosedyre med felles anerkjennelse av kvotesystemene (jf. artikkel 25). Slik felles anerkjennelse vil trolig forutsette at sentrale elementer i de forskjellige systemene er noenlunde sammenfallende. For Norge som EØS-land har spesielt spørsmålet om det indre markeds funksjon stått sentralt. Kommisjonen har gjort det klart at den anser at direktivet hører hjemme i EØS-avtalen og at det ikke er aktuelt med en artikkel 25-tilkobling for Norges del.

Rapportering, overvåking, verifikasjon og sanksjoner
Det påligger bedriftene hvert år å levere dokumentasjon for utslippsmengden det foregående år (jf. artikkel 14). Rapportene fra bedriftene må verifiseres senest 31. mars (jf. artikkel 15). En bedrift som ikke har levert en tilfredsstillende utslippsrapport per 31. mars, mister retten til å overdra kvoter (jf. artikkel 15).

Bedrifter som omfattes av kvotesystemet og som det foregående år har hatt utslipp av CO2 må innen 30. april året etter innlevere til myndighetene kvoter tilsvarende utslippene (jf. artikkel 12). Den som ikke leverer tilstrekkelig antall kvoter til dekning av utslippene foregående år, må betale overtredelsesgebyr på 40 euro pr. overskredet kvote. Fra 2008 vil gebyret øke til 100 euro (jf. artikkel 16). Betaling av gebyr fritar ikke for forpliktelsen til å returnere kvoter svarende til utslippene.
Direktivet innebærer også at navnene på driftslederne som ikke har sørget for å innlevere tilstrekkelig antall kvoter skal offentliggjøres (jf. artikkel 16).

Bruk av kreditter fra felles gjennomføring og den grønne utviklingsmekanismen
EUs kvotesystem er koblet til de prosjektbaserte mekanismene, herunder Felles gjennomføring (JI) og Den grønne utviklingsmekanismen (CDM) (jf. artikkel 30 nr. 3) gjennom mekanismedirektivet. Mer informasjon om mekanismedirektivet er gitt i et eget EØS-notat.

Gjeldende norsk regelverk og politikk på området
Parallelt med utviklingen av EUs kvotesystem, arbeidet norske myndigheter for å etablere et eget, nasjonalt kvotesystem i Norge. Før det ble avklart at Kommisjonen ville kreve at kvotedirektivet ble innlemmet i EØS-avtalen var det derfor allerede vedtatt norsk regelverk som langt på vei var sammenfallende med innholdet i kvotedirektivet og tilhørende rettsakter. Klimakvoteloven (lov av 17. desember 2004 nr. 99) og den tilhørende klimakvoteforskriften (forskrift av 23. desember 2004 nr. 1851) etablerte et kvotesystem i Norge fra 1. januar 2005. Det norske kvotesystemet ble blant annet av hensyn til norsk industris konkurranseevne lagt tett opp til EUs kvotesystem og reglene i kvotedirektivet. Klimakvoteloven og klimakvote­forskriften var langt på vei en gjennomføring av kvotedirektivet. Den viktigste forskjellen mellom det norske og EUs kvotesystem i perioden 2005-2007 var at det norske systemet bare omfattet utslipp av CO2 som ikke hadde CO2-avgift og som var kvotepliktig i henhold til EUs kvotedirektiv. Det viktigste bransjene som hadde utslipp med CO2-avgift og som dermed ikke ble omfattet av kvotesystemet for 2005-2007 var energianleggene på kontinental­sokkelen og treforedlings­industrien.

Kvotesystemet for 2005-2007 var ment å være en innfasingsperiode før perioden 2008-2012 hvor Norge har en utslippsforpliktelse under Kyotoprotokollen. Det var blant annet derfor nødvendig å foreta enkelte endringer i det norske kvotesystemet for å tilpasse kvotesystemet til perioden 2008-2012, jf. lov om endringer i klimakvoteloven m.m. (lov av 29. juni 2007 nr. 93). Loven endrer det norske kvotesystemet, blant annet for å tilpasse det norske kvotesystemet ytterligere til EUs kvotesystem og gjennomføre kvotedirektivet i norsk rett. For det første ble unntaket for kvoteplikt for virksomhet som betaler CO2-avgift opphevet. Dette førte til at energianleggene på kontinental­sokkelen og treforedlings­industrien ble inkludert i kvotesystemet. For det andre ble det utviklet nye regler for tildeling av kvoter til norske virksomheter. Kvotesystemet for 2008-2012 fører til en lavere samlet tildeling av vederlagsfrie kvoter enn i EU-landene, sammenlignet med totale utslipp fra de kvotepliktige virksomhetene.

Innen kvotedirektivet med tilhørende rettsakter kan anses fullt gjennomført i norsk rett, gjenstår fortsatt spørsmål knyttet til størrelsen på kvotemengden, tak på bruk av de prosjektbaserte kyotomekanismene, etablering av kvotereserven for gasskraftverk samt reviderte regler om klimakvoteregisteret og nye gebyrsatser. Regjeringen legger også opp til å inkludere utslipp fra produksjon av kunstgjødsel i kvotesystemet, og har åpnet for inkludering av andre virksomheter. Dette vil kreve endring i forskrifter.

Merknader
Kvotedirektivet er vedtatt som Europaparlaments-og rådsdirektiv 2003/87/EF og er vedtatt med hjemmel i EF-traktaten artikkel 175 nr. 1.

Sakkyndige instansers merknader
Det har ved flere anledninger vært muntlige orienteringer om status for prosessen med å avgjøre om direktivet skal inntas i EØS-avtalen, blant annet i spesialutvalget for miljø og referansegruppen for miljø.

Status
Kvotedirektivet er vedtatt av Rådet og Europaparlamentet, og trådte i kraft 1. januar 2005.

Direktivet ble 26. oktober 2007 besluttet innlemmet i EØS-avtalen gjennom vedtak nr. 146/2007 i EØS-komiteen. Innlemmelse i EØS-avtalen forutsetter parlamentarisk godkjennelse i de tre EFTA-statene Island, Liechtenstein og Norge.